Si, quando emetti fattura ad un soggetto possessore di partita IVA (sostituto d'imposta) devi sempre mettere la ritenuta d'acconto. Teoricamente potresti anche non indicarla in fattura, il sostituto d'imposta è comunque obbligato a trattenerti la ritenuta d'acconto.
Il sostituto d'imposto è tenuto a versare la ritenuta d'acconto operata ed a consegnarti il certificato che ne attesta il pagamento.
In assenza del certificato, se la ritenuta è stata operata, e cioè decurtata dal compenso dovuto, l'onere del versamento dovrebbe rimanere esclusivamente in capo al sostituto d'imposta.
http://it.wikipedia.org/wiki/Ritenuta_d%27acconto