Ma si tratta di un "solito" profilo ad H con l'anima forata? Oppure è una sezione scatolare con presenza di buchi lungo l'asse longitudinale della trave stessa?
Perchè in quest'ultimo caso sarebbe "realmente" la trave alveolare del titolo del topic (ma non vedo poi come possa modificarsi l'inerzia lungo l'asse della trave).
Viceversa nel primo caso il titolo del topic è ingannatore.
Allora, io immagino che tu ti trovi nel primo caso (ovvero di profilo ad H con fori nell'anima).
Poichè parli di "interno di un programma di calcolo", immagino che tale trave non la stai studiando "isolata", ma essa fa parte di una struttura più articolata.
In un programma che permette generalità di input è possibile inserire manualmente rigidezze flessionali, assiali, taglianti e torcenti. Ovviamente scordati verifiche svolte in automatico.
Ma se il tuo scopo è quello di arrivare a sollecitazioni che siano più veritiere possibili, da cui poi proseguire, dovrai per prima cosa capire quali siano le rigidezze più "importanti".
Ad esempio se la tua trave alla fine fosse incernierata agli estremi, inutile rompersi la testa a definire rigidezze flessionali che non servono a nulla. Magari a quel punto è meglio individuare la rigidezza assiale corretta.
Per quanto riguarda il momento d'inerzia sai benissimo che un foro nell'anima lo influenza assai poco. Nulla vieta di fare una sorta di media tra inerzia della sezione "piena" e della sezione con il buco. Al limite potrai sempre fare un doppio modello, da un lato la trave senza fori, e dall'altro trave con foro "totale" nell'anima e vedere cosa cambia soprattutto sugli elementi circostanti. Se non dovesse cambiare poi molto, potrai anche procedere più a cuor leggero, visto che il parametro influenza poco il risultato.
Comunque, forse non ho centrato il bersaglio. Per cui per adesso mi fermerei qui.