La mia risposta è si. Sia con Edilus che con qualsiasi altro software è certamente possibile analizzare strutture che siano separate, ma contigue in qualche punto.
Penso che a nessuno verrebbe in mente di fare questa domanda se avesse un edificio di più piani, in cui all'ultimo piano, ad esempio, sporgessero 2 torrette.
Eppure ce la si pone se l'unico punto di contatto sono le fondazioni.
Chi ti dice di calcolare separatamente le varie strutture semplicemente non lo ha mai fatto.
Considerando poi tutte le combinazioni di carico che escono fuori applicando la norma, e che nel 95% dei casi l'analisi sismica viene svolta per via dinamica (in cui quindi tutte le sollecitazioni sono per definizione positive, e poi tocca a te farle diventare una volta positive ed una volta negative) un eventuale modello separato delle sole fondazioni anche di pochi pilastri ti farà impazzire nella fase di inserimento dei carichi.
Se la tua preoccupazione è quella dei piani rigidi che ovviamente sono separati tra un modulo della tua struttura e l'altra, potrai risolvere semplicemente impostando i vari livelli sfalsandoli tra loro di pochi cm.
Infine stai anche tranquillo sui vari modi di vibrare. Nella risoluzione matematica del problema, un blocco di struttura non "sporca" i periodi propri di vibrazione dell'altro/altri blocchi.
Prove numeriche alla mano riportate anche in un vecchio post di ing.forum (interventi miei, di afazio certamente, ma anche di Alberto Ferrari, credo) ti dimostreranno che ritroverai le varie frequenze dei singoli blocchi come se gli altri non esistessero.
L'unica avvertenza è quella di aumentare il numeri di modi di vibrare investigati dal software. E qui forse l'Edilus mostrerebbe la corda...