Poichč č il fenomeno fisico che ti interessa, ovvero evitare il martellamento, a mio avviso dovresti guardare soltanto i nodi che effettivamente sono prospicienti il giunto.
Inoltre vedo che il software ti da anche la risultante degli spostamenti x ed y. Ecco, io penso che la risultante non ti serva affatto, ma solamente la componente nella direzione dello spessore del giunto.
A quel punto se stai calcolando anche la struttura 2 potrai procedere o con un nodo di massimo spostamento, ma sempre sul giunto, oppure andare a guardare proprio il nodo contrapposto a quello che scegli per la struttura 1.