Scusami Maxino, perchè in base a quanto ci avevi raccontato, ed in risposta anche a quanto scritto da Cris, a quel punto stavo per scriverti che la tua domanda non aveva senso.
Mi spiego meglio: la concessione in sanatoria "completa" tutto l'iter che normalmente si farebbe per una struttura regolare. Essa è al tempo stesso: collaudo, conformità, abitabilità.
Se nel rilasciarla qualcuno ha omesso qualche atto (ad esempio la famosa redazione del CIS da depositare al GC) ed il controllore non ha vigilato sufficientemente da non accorgersi della omissione, mi viene da dire semplicemente: amen.
La struttura, l'abitazione, è a quel punto assolutamente regolare, in tutto e per tutto. Il committente nel darti un qualsivoglia incarico, semplicemente butta soldi dalla finestra.
Ovviamente è diverso il caso in cui si voglia invece "investigare" circa la regolarità del procedimento burocratico perchè si ha voglia di far ele scarpe a qualcuno.
Ma vista la tua risposta, non è questo il caso.
Torno quindi, vista la tua risposta chiarificatrice, al problema specifico.
Una volta presentato il nuovo progetto, esso viene approvato dal comune da un punto di vista "urbanistico". Che qualcuno si sia preso la briga di consegnare analogo progetto in variante, ma relativo alle strutture, al GC, al comune non importa nulla.
Ovviamente la cosa non è così fino in fondo. Nel senso che per rilasciarti l'abitabilità, prima o poi al comune ti chiederanno la conformità dell'opera ad un progetto struttural-sismico (quale? quello originario, quello di una variante da presentare?). Questa conformità "nasce" dall'art. 28 della vecchia L64/74 (adesso è incapsulato nel DPR 380 e l'art è diverso, ma il succo non cambia), ovvero è una certificazione che rilascia il GC. Certificazione che viene rilasciata a seguito di un collaudo positivo (collaudo da depositare sempre al GC), a sua volta frutto di una relazione a strutture ultimate (relaziona da depositare sempre al GC).
Scusa ti ho fatto tutto l'iter al contrario, ma il succo è il seguente: certamente devi presentare la variante al GC, e l'onere di questa presentazione 'tocca' al committente (perchè altrimenti niente abitabilità, niente vendite, ecc.), l'onore, come progettista a te.
A questo punto entrano in gioco 2 eventi che vanno valutati con attenzione:
1) La seconda risposta di Cris: variante sostanziale, oppure non sostanziale?
(Leggi i documenti che Cris ti ha linkato e poi ci dici come saresti messo. Da quello che ci lasci intendere forse staresti nella "sostanziale", ed in teoria potrebbero essere dolori)
2) Poichè il progetto di variante (nel mondo ideale di Cris) andrebbe presentato prima di realizzare materialmente il progetto, ma in effetti ci dici che è stato tutto realizzato, esistono ancora del GC che fanno il sopralluogo preventivo, proprio per andare a valutare lo stato dei luoghi, spero tu non sia in una di queste regioni 'felici' (ormai sono tutte con carenza di organico, e quindi di uscite e sopralluoghi non se ne parla affatto).